Первый случай ВИЧ в Эстонии был диагностирован в 1988 году, и с тех пор было зарегистрировано в общей сложности 9263 случая ВИЧ. В последнее десятилетие заболеваемость ВИЧ снизилась (с 46,0 случаев на 100000 человек в 2005 году до 20,5 случаев в 2015 году), но в последние несколько лет она была стабильной (25 случаев на 100 000 в 2013 году
1 и 23 случая в 2014) . Увеличилось число случаев гетеросексуального и гомосексуального инфицирования, а также доля случаев инфицирования среди людей старше 34 лет.